私の良く知っている普段は暑さに強い人も、熱中症にかかってダウンしたと聞きました。
みなさんお元気ですか？
この間、10xって何て読むの？
という人がいたのですが、てんエックス、って読みます。
テネックスっていうとネイティブっぽく聞こえるかな。
装置はChromium、クロミウム、って読みます。
大きさとしては下の写真でわかる通り、結構コンパクト。
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| がん免疫学会 スクラムさんのブースにて |
この機械が何をしてくれるのか、というと、ざっくり言って
- ゲノムシークエンスのための特殊なライブラリ（イルミナ社のシークエンサー用）
- シングルセル解析のための特殊なライブラリ（同じく、イルミナ社のシークエンサー用）を
簡単に作ってくれる。
ゲノムシークエンス用には、Linked Readという技術が使われていました。
Synthetic Long Readとも言われていて、ある意味、PacBioと競合関係にあったんですよね。
それについては以前「パックマンの挑戦」でも書いたのですが、またいつか改めて書きます。（まだ私からPacBioのイメージが抜けて無いので、PacBioと被るアプリケーションはもう少し避けておきます、という大人の事情により）
（ここの間に書かれていた内容は、2019年1月に訂正、削除しました）
さて、Chromiumを買ったら何ができるか？
今（2018年8月）Chromiumでできるシングルセルアプリケーションは3種類あります。
- シングルセル発現解析 scRNA-Seq
- シングルセルV(D)J解析 - sc V(D)J repertoire
- シングルセルコピー数変異解析 scCNV
今後ひとつずつ説明していこうと思います。
ひと言で簡単にいうと、こんな感じ
- 遺伝子発現を一細胞レベルで解析する
- ヒトまたはマウスのα鎖β鎖、BCR、IgGのH鎖L鎖のペアを一細胞レベルで解析する
- ゲノムのコピー数変異を一細胞レベルで解析する
今まで複数細胞まとめて解析するのが一般的だったのが、今や技術の進歩と解析アルゴリズムやソフトウェアのおかげで一細胞レベルで解析が可能になったのはすごいと思います！
また、これもぜひ紹介したいのが、CITE-Seqという分野で、遺伝子発現と細胞表面タンパク質の発現を同時に検出できるんです。
それもサンプルあたり数千数万という細胞を一度に解析できて、かつ抗体も複数同時に検出できるんです。
免疫学の分野で相当なインパクトになると、個人的にも確信しています！
今年後半にかけて、10xはさらに新しいアプリケーションを発表していく予定なので、目が離せませんよー！
