シングルセルATAC-Seqのウェビナーやります！

今年2回目のGetting Startedウェビナーのトピックは、シングルセルATAC−Seq！

この、Getting Startedウェビナーとは、初心者向けのやさしい内容を、シングルセル解析や10x Genomics の技術をあまりご存知無いかたに向けて、アジア時間で行うシリーズです。

日本語、英語、中国語で同じ内容、同じスライドを使ってプレゼンします。
プレゼンの内容は録画されるのであとで視聴することもできます。ぜひレジストしてくださいね。

日時
4月22日午後3時（日本時間）日本語です！　私が喋ります（緊張）

4月23日午後1時（日本時間）英語です。アメリカの製品担当、ローラが喋ります。外国人の研究者は、英語の方がわかりやすいかもしれませんからオススメします。って、このブログ自体が日本語でした。外国人研究者で興味ありそうな方がいましたら是非登録リンクを転送してください！

シングルセルATAC-Seqを始めよう

高解像度のエピゲノム解析

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このウェビナーでは、細胞におけるエピゲノムの多様性をシングルセルの解像度で解析できる、シングルセルATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin)について、紹介します。この解析は、数百から数千のシングルセルにおいてゲノムワイドにオープンクロマチン領域解析を行える画期的な手法です。

内容は、

• シングルセルATAC-Seq解析の概要
• シングルセルATAC-Seqライブラリーおよびサンプル調製のベストプラクティス
• シングルセルATAC-Seqを解析するソフトウェアおよび視覚化ツール

です。

このウェビナーシリーズは今後も積極的に続けていく予定です。

どんな内容が良いか、は各ウェビナーの最後のアンケートにて聞かれますので、皆さんのご意見ご要望をどうぞ宜しく、宜しくお願いします！

エピゲノムのベンチャーを買収してシングルセルATACへ

Epinomicsのウェブサイト

10xのウェブサイト

買収そのものの話は前から社内で共有されていたのですが、昨日、エピゲノム分野のスタートアップ会社・Epinomics社を買収したと言う公式発表がありました。

この会社、スタンフォード大学と共同でATAC-Seqという技術を発明・開発したのですが、ではそもそもATACって何？　という方の為に簡単に説明しますね。

ATACとは（Assay for Transposase-Accessible Chromatin ）の略。
人間の染色体に含まれるDNAは全部伸ばすと約２メートル、これが細胞の核の中に収納されているわけですが、これを可能にしているのがヒストンというタンパク質。
ヒストンの周りにDNAを巻きつけて凝縮させて、直径わずか20マイクロメートルの核の中に収納しているわけです。
この凝縮された状態をクロマチンと呼びます。

DNA、クロマチン、核
https://gendynamik.wordpress.com/226-2/

で、遺伝子が発現するためには一旦クロマチンをほどいてやる必要があり、これはヒストンのアセチル化を制御する酵素により制御されています。
発現される遺伝子は、クロマチン構造が解かれてオープンになります。
そのオープンになったところだけを狙ってDNA配列を読むことができれば、実際に発現されるべきところの遺伝子を網羅的に調べることが可能です。

Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY, and Greenleaf WJ. (2013) "Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position." Nature Methods.　より引用

Tn5というトランポゼースは、オープンクロマチンの部分を認識して、さらにシークエンスに必要なアダプター配列を挿入してくれます。
これをうまく組み合わせて、オープンになった遺伝子（とは限らない）を効率良くNGSで読むことができる、これがATAC-Seqです。
株式会社Rhelixaさんのサイトにもっと丁寧な説明がありましたので併せてどうぞ。
こちら


さて、
そのATAC-Seqをシングルセルレベルで行うのが、この秋登場予定のシングルセルATACキット。

流路に流すのは細胞ではなくて核・Nuclei
ミトコンドリアのコンタミを最小限にすることができ、サンプルあたり500〜10,000 Nucleiを解析可能。
Nucleiの準備がもしかしたら肝になるでしょうね。どれだけキレイに取ってこれるか。

一度Nucleiの準備が整ったら、Chromiumでのラン、バーコード、PCR、サンプルクリーンアップ、QCなど含めてライブラリ調整にかかる時間はおよそ7時間。その後はHiSeqなどでシークエンス、という流れです。
ソフトウェアもリリースまでには完成する予定です。楽しみですね！