Visium 空間解析にFFPEが登場！

 前回から少し時間が経ってしまいましたね。まだまだ、東京は緊急事態宣言下で居酒屋は閉まったまま。すっかり健康的になってしまいました（これはいいことだけど）。これが6月20日まで続き、その後はワクチン接種、そしてオリンピックかあ。本当にやるのかなあ。

世の中不安なことが多い今日この頃ですが、さーて気持ちを切り替えて。

Visiumの空間解析にFFPE版が登場しました。FFPE−ホルマリン固定パラフィン包埋（さて、「包埋」とは何と読むでしょう？　答え：「ほうまい」僕は最初読めませんでした、、、）。これは生体組織の保存に良く使われている手法です。

ホルマリンの濃度（中性か酸性か）、作成にかける時間などの条件によってサンプルのクオリティは変わってくるそうです。サンプルに含まれるDNA・RNAの分子の分解も進んでしまうことがあります。また組織の構造がきちんと保存されるかどうか、これもFFPE作成条件によって大きく変わってくるそうです。

ゲノム診断に使う病理組織は手術検体から得るわけですが、こちらは日本病理学会が定めた「ゲノム診療用病理組織検体取扱い規程」によってFFPEの作製方法などが定められています。

FFPEサンプルからRNA分子を測定して遺伝子発現量を測るには注意が必要です。そのままではRNAが分解されているからです。今までのVisium（新鮮凍結組織用）では、組織を透過処理し、mRNAのポリAをVisiumスライドガラス上のポリdT付きのキャプチャーオリゴで捉えていました。

ところがこの方法だと、分解されているmRNA はキャプチャーされない可能性がある。そしてNGSで読んでもマッピングされない可能性がある。

そこで、FFPE用のVisiumではポリAを捉えるのではなく、プローブキャプチャー法を用いました。具体的には、遺伝子の保存領域にプローブを2つ設計し、片方のプローブにはポリA配列がついている。この2つのプローブは隣り合うように設計されていて、ハイブリした後に2つは結合してひとつの長いプローブ配列になる。

その後Denatureして、透過処理をしてプローブ配列だけを組織からスライド上に落としてくる。プローブ配列についているポリA配列をスライド上のキャプチャーオリゴで捕捉する。という流れだけど文章で書いても伝わらないのはわかります。

そこで先月ウェビナーを行ったのでそのビデオをご覧ください。

このリンクから。最初に名前とメールアドレスなどの登録が少し必要です。

これは5月19日に行ったウェビナーの録画なのですが、最初の方はVisium一般の復習なので知っている人はスキップできるかな。プローブでのキャプチャー方法についてはウェビナービデオの１８分後くらいから説明しています。

このウェビナーでは実験ワークフローの部分はさらっとしか話せませんでしたので、次はもっと詳しい話をします。次回のウェビナー、Visium空間的遺伝子発現 FFPEキットを始めよう！は6月23日（水）午後12時から。抽選で5名のかたにVisium特製Tシャツをプレゼントします！

製品シートはまだ英語版しかないですがここにあります（鋭意翻訳中！）

Visium 最初の論文とウェビナー（英語）

Maynard et al., Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex（doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.28.969931）

Spatial Transcriptomicsの論文は以前にもあったけれど、これが最初のVisiumの論文になるのでしょうか。これは、10xの社員も著者に載っていますが、Visiumでこんなことができる！ということがよーく分かる論文です。

Maynard et al

human dorsolateral prefrontal cortex（DLPFC：背外側前頭前野）のレイヤーは６層に分かれていて外側から内側に向かって、Layer 1、2、・・・6、とそして白質（White Matter）と分類されるそうです。この組織部分を切り出し、Visium実験を行い、各層ごとに遺伝子発現の特徴が見られるか、という実験です。

Maynard et al. Fig.1

Fig１のD、E、Fでは、３つの遺伝子の発現値がマップされています。ここでわかるように遺伝子によっては各層ごとに高発現、低発現の特徴がはっきり分かれているようです。

Maynard et al, Fig.4

各層ごとに特徴的に発現している遺伝子も検出できます。この図では、AQP4遺伝子が　Layer 1で高発現（A）、HPCAL1遺伝子はLayer 2で高発現（C）していたことが示されています。
どの場所でどの遺伝子が発現していたのかという研究が、このVisiumの空間的遺伝子発現プラットフォームで可能になるのです！

これ、すごいですよね。今までに無い、次世代RNA-Seq

で、この論文の著者が今度、ウェビナーを行います。残念ながら日本時間では早朝3時半という微妙な時間ですが、朝に強い人はぜひご参加ください。
３月２０日　午前3時30分から5時　（この日は休日ですね！）
こちらです

上級者向けシングルセルデータ解析ウェビナー2つ SeuratとATAC

シングルセルのデータ解析をやっている方へ、オススメのウェビナー（録画）があります！　ちょっと前にアメリカ時間で行われたのですが、録画がオープンになりました。

ひとつめはこれ

ATAC-Seqのデータ解析とビジュアライゼーションの話です。

ここから視聴できます。

写真の左上のMikeは先月の東京ユーザーミーティングにも来ましたね。右下のHankはアルゴリズム開発のエキスパートです。

もうひとつは、これ

こちらから視聴できます。
Seuratを開発しているNYU Center for Genomics and Systems BiologyのDr. Rahul Satija が、Seurat v3を使って様々なタイプのシングルセルデータを解析する方法を説明したウェビナーです。最初ちょっと早口かもしれません。ですがSeuratを少し使っている・これからやろうと思っている研究者にはオススメです。

ぜひどうぞ。

シングルセルDNAのウェビナー

4月から毎月ウェビナーをしています。英語、日本語、中国語、と３パターンあって私は日本語担当なんですね、もちろん。

さて、次の日本語のウェビナーは8月1日(木)の午後2時から。テーマはシングルセルDNAです。

コピー数変異をシングルセルで読む技術をご紹介します。
ぜひ登録の上、ご参加ください。録画するので当日参加できないひとも登録だけどうぞ。


因みに英語は7月30日、こちらから

ウェビナーって思った以上に結構大変なんです。
まず英語で作られたプレゼンを日本語にしないといけない。その時、英語の方がしっくり来る単語はそのまま英語で行こうかどうか悩みます。

そして日本語にしたとしても、それが聞き言葉として正確に伝わるかどうか、が問題。漢字を見れば明らかだけど聞いただけでは意味を間違えてしまう日本語って、結構あると思います。
例えば「陽性」と言うのを聞くと、私は「妖精」と間違えてしまうんです。（なんてロマンチックな！）これは冗談ですが、プレゼンは英語で書かれているのでそのまま「ポジティブ」と言った方が伝わりやすいかも、とか考えてしまいます。

次に読み方とパワポのスピード。自分で作った原稿を読むわけですが、読んでいないように見せかけないとダメで、しかもパソコンに向かっているわけです。　相手の顔が見えないからどうしても事務的になってしまったり、つまずいてしまったり。前回の免疫プロファイリングは途中噛んでしまい、緊張してしまいました。もっと練習しろ！ということですが。
録画バージョンはちゃんとリラックスした状態で撮り直していますので、聞きやすいと思います。

今度のDNAウェビナーは、前よりもリラックスして行いたい

シングルセルATAC-Seqのウェビナーやります！

今年2回目のGetting Startedウェビナーのトピックは、シングルセルATAC−Seq！

この、Getting Startedウェビナーとは、初心者向けのやさしい内容を、シングルセル解析や10x Genomics の技術をあまりご存知無いかたに向けて、アジア時間で行うシリーズです。

日本語、英語、中国語で同じ内容、同じスライドを使ってプレゼンします。
プレゼンの内容は録画されるのであとで視聴することもできます。ぜひレジストしてくださいね。

日時
4月22日午後3時（日本時間）日本語です！　私が喋ります（緊張）

4月23日午後1時（日本時間）英語です。アメリカの製品担当、ローラが喋ります。外国人の研究者は、英語の方がわかりやすいかもしれませんからオススメします。って、このブログ自体が日本語でした。外国人研究者で興味ありそうな方がいましたら是非登録リンクを転送してください！

シングルセルATAC-Seqを始めよう

高解像度のエピゲノム解析

日本語版登録はこちら

英語版登録はこちら

このウェビナーでは、細胞におけるエピゲノムの多様性をシングルセルの解像度で解析できる、シングルセルATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin)について、紹介します。この解析は、数百から数千のシングルセルにおいてゲノムワイドにオープンクロマチン領域解析を行える画期的な手法です。

内容は、

• シングルセルATAC-Seq解析の概要
• シングルセルATAC-Seqライブラリーおよびサンプル調製のベストプラクティス
• シングルセルATAC-Seqを解析するソフトウェアおよび視覚化ツール

です。

このウェビナーシリーズは今後も積極的に続けていく予定です。

どんな内容が良いか、は各ウェビナーの最後のアンケートにて聞かれますので、皆さんのご意見ご要望をどうぞ宜しく、宜しくお願いします！

Linked Readでメタゲノムアセンブリの話

先週は暖かい国にて会社のミーティングでした。野生のイグアナに初めて遭遇。

帰ってきて日本の寒さがこたえます〜。

さて、メタゲノムの分野では、培養できない細菌のゲノムを決めるのが、ひとつのテーマとしてあるそうです。昨年からLinked Readを使って複数のゲノムを同時に決めるというのがちょっとしたブームになっていたのですが、今回、そのお話のウェビナーがありますので紹介します。

うーーん、日本時間は深夜2時か、、、
その時間での参加をお願いはいたしません。私もおそらく無理。多分録画されるはずなのでレジストする価値はありますよ。
こちらから、Webinar Registrationをクリックしてくださいね！

最近はほとんどシングルセルの話しかしてませんので、たまにはLinked Readも良いのではないでしょうか。
ちなみにメタゲノムアセンブリにはSupernovaは使えません。別のThird Partyツールを使います。

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10x Line@ 始めましたのでお気軽に登録してくださーい！

10x Genomics, Natureウェビナーのお知らせです

来週は免疫学会＠福岡です。私もこの学会は初めて参加するんですが、今回はスクラムさんの隣に10xのブースを出します。私の前職のトミーデジタルさんで、私の部署の隣部署がバイオレジェンドという会社の抗体を扱っていたので、免疫分野も興味はありました。

でも、はい、新参者です。

さて、来週の14日、日本時間では深夜2時ですが、Natureウェビナーで10xの新製品色々の話があります。

ええ、深夜2時ですのでこの時間参加できる人は少ないと思います。でも、登録しておけばオンタイムに参加できなくても後でビデオのリンクが送られて来る予定です。

10xの最新アプリケーションに興味がある方は是非登録しましょう！

登録はこちらから

Accelerating Biology: New Product Innovations from 10x Genomics  

スピーカーは、10x Genomics が誇る優秀なサイエンティストのサラ。

本ウェビナーのトピックは、

• ゲノムのヘテロ性を高精度で検出できるシングルセルCNV
• 今までの試薬と比べて遺伝子検出力が最大2倍にUpしたシングルセル発現解析Ver.3
• 細胞表面タンパク発現と遺伝子発言が同時に検出できるFeature Barcording
• ゲノム上のオープンクロマチン領域だけ読むことができるATAC-Seqのシングルセル解析

どれも今年リリースした新アプリケーションです。

（注意：遺伝子検出力がUPしたシングルセル発現解析は、３’側の発現解析の方です。）

ちょっと今回は深夜という辛い時間帯でしたね。

でも来年は日本時間の丁度いい時間帯に、日本語でのウェビナーをやってみようと考えています。（ここで宣言すればやらざるを得ない）

というわけで、今年ももうあと3週間ほどで終わりますが、まだまだ話題は尽きない10xです。

お楽しみに！