第1回 Visium Day オンラインフォーラム無事終了

今年は桜の開花も例年よりだいぶ早いらしいですね。とはいえ、新型コロナウイルスのせいで多くのイベントが自粛。学会も多くが中止になりました。なんだかとても寂しい3月になりそう。

外出自粛を「お願い」された小・中学生の子供が家に１ヶ月もいる！なんて、信じられない環境の中、私も最近ほとんどテレワークです。（とはいえずっと家にいるわけではありませんけれど）

イベントが自粛となっても私たちはそれに代わる方法を考えないといけないわけで、そうなるとセミナーをウェブでやるのが現実的になります。

最初、秋葉原UDXで行うのを予定していた「Visium Day」も、やっぱりこの時期なのでウェブでやることになりました。

２時間半のセミナーをオンラインでやってみた！

発表は５つ、招待講演の鈴木穣先生の発表を含む（鈴木先生、本当にどうもありがとうございました！）

質疑応答もできるだけできるようにして

間にコーヒーブレイク（という名のトイレ休憩）を設ける

発表するときはカメラをONにして、できるだけライブ感を出す

色々工夫して、途中で聞いている人が退屈しないように企画したのですが、まあ、２時間半はウェブセミナーとしては長いかな。実際そういう意見も多かった。普通の物理的なセミナーだと３時間でも「長すぎる」という人はあまりいないと思う。やっぱりウェブだともう少し短いセミナーが好まれるのか。

最後の私の発表のところで謎の雑音がコンタミしたのはごめんなさい。喋っていた私は気付きませんでした。練習したときは問題なかったのですが。今度は気をつけます。聞き取れなかった人は個別に連絡ください。

当日、私とスクラムの掛谷さんは 柏の特設スタジオから鈴木先生と一緒にお送りしました。

正直な印象：

これが無観客試合か・・・

オーディエンスの表情がわからないのは我々昭和世代には不安でしかない！

ラジオのパーソナリティーもこんな感じなんでしょうかね。でもあまりフランクに喋ったら怒られるだろうしね。

また、このような感じのウェブセミナーは今後もどんどん行う予定です。

お楽しみに！

第1回 Visium Day 開催のお知らせ！（オンライン方式に変わりました）

この記事は2月10日に上げたのですが、ご存知の通り新型コロナウイルス感染拡大に伴い、イベント・集会を開く環境では無くなりました。そこで、ウェブセミナーの形に変更しました。以下の記事も、2月10日に書いた内容を編集しています。編集箇所は黄色の字にしました。ウェブセミナーの登録サイトは同じURLです。

以前登録した方は自動的に案内メール（リンク付き）が送られていると思いますので再登録は不要です。

Visium Spatial Gene Expression、またの名をVisium 空間的遺伝子発現
この製品、前のブログでもその前にも何回かご紹介しましたね。組織切片をスライドガラス上に乗せて、組織の位置情報を保ったまま、全遺伝子発現を測定するという画期的技術です。
Spatial Transcriptomics、Spatialomicsとも言われていますね。「スペーシャロミクス」うん、いい響きだ。

今年話題になること間違いないVisiumの、アジア初のセミナー「Visium Day」を行います！（もしかしたら世界でも初か２番目かそれくらい）
日本で最初に実験をして結果を出された、東京大学の鈴木穣先生を特別講演にお招きしました。Visiumの実験はどんな感じで進むのか、データからどんな新しいことがわかるのか。ユーザーの生の声を聞けるまたと無いチャンスです。

また10xからは、この新技術を導入するときの実験ノウハウ、データ解析ソフトウェアのデモ、そして今後の Visium 開発の展望もご紹介します。実験ノウハウなどは基本的にはユーザーの方にしかお話ししない内容です。

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日時：2020年3月5日　午後1時から3時半
場所：ネットが繋がる場所ならどこでも　On24というシステムを使います
レジストレーション：こちらから
アジェンダ：登録ページの一番下にダウンロードボタンがあり
参加無料
対象：Visiumに興味のある研究者の皆様　
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登録はお早めに！　

10x Genomics ユーザーグループミーティング in 秋葉原 2019

今日は前から何回か宣伝して来た、10x Genomics ユーザーグループミーティング（東京）のお知らせです！

これ、昨年は10月に行いました。今年は早くも6月28日に東京で行います。
今年は、午前中はサンプル調整・データ解析ワークショップ、午後はお客様の発表、というようにしました。
午前中のワークショップは、基本プレゼンベースです。10xのユーザーを想定しています。10xの前提知識が無いと聞いていてもわからないだろう、と思うからです。

午後のセッションは一般の方（シングルセルに興味のある方）を対象にした、いわゆるユーザーミーティングです。もちろんユーザー以外の方でもウェルカムです。みなさんどんな研究に10xのChromiumを使っているか、興味ありますよね。

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Garvan Institute of Medical Research, Laboratory Head, Dr. Alex Swarbrick 
Landscape of the Breast Cancer Microenvironment at Single-Cell Resolution

熊本大学ヒトレトロウイルス学共同研究センター, 佐藤 賢文 先生　
HTLV-1感染病態解明へ向けた感染者血液のシングルセルトランスクリプトーム解析

富山大学医学部整形外科/Duke University Orthopaedic Surgery, 箭原 康人 先生
scRNA-seqを用いたRNA velocity解析；胎児卵黄嚢 erythro-myeloid progenitor由来破骨細胞は造血幹細胞非依存的に生ずる

東京大学大学院新領域創成科学研究科，鈴木 絢子先生
scATAC-seq/scRNA-seq解析:がん細胞のトランスクリプトーム不均一性解明に向けて
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ご覧の通り、がんの微小環境、免疫、遺伝子発現、ATAC-Seqなどテーマが多彩に渡ります。また、10xからは、製品アップデート、Spatial、データビューワーの話、さらに当日データ解析ヘルプデスクも設ける予定です。

あと、今回初の試みとして、ライトニングトークセッションを行います。
これは一人5分の発表です。最大６名まで募集します。参加者枠はまだ少しあるので何か発表したい、共同研究者を探したい、という人は是非どうぞ。

ユーザー会が終わった後は情報交換会（という名の懇親会）がありますので是非どうぞ。すべて無料です。何かプレゼント的な、何かがあるかも。

10x Genomics ユーザーグループミーティングの登録はこちら


ちなみに先月行われた台湾でのユーザーグループミーティングは100人以上のお客さんが出席し、大反響でした。
写真は台湾代理店・PharmigeneさんのFBに上がっていますので雰囲気を味わいたい方はのぞいてみてくださいね。世基生物醫學股份有限公司　で検索すればかかってくると思います。

下一站6/28，10x與您相約東京見！　謝謝

シングルセル発現解析の比較 論文その２

前回に続いて、シングルセル解析の比較論文を探していたら良いものを見つけたのでシェアします。Broadのチームが行ったそうです。

前回と名前が似ている論文ですね、こちら

（この話はGenomeWebでも記事になっていますのでこちらもどうぞ）

彼らが比較しているのは以下の７種類のプラットフォームです。

Ding et al.,
Fig 1-b

細胞株の混合、末梢血単核球（PBMC）、およびマウス脳組織由来の細胞について、これら７種類のプラットフォームで解析しました。 さらに、シングル核RNA-Seqの方法も4つ、テストしています。合計で36のライブラリーを作成、約92,000のシングルセルから発現データを生成し比較しています。

彼らの定義では、Smart-Seq2とCell-Seq2は低スループット、10xをはじめとするその他Drop-Seq、Seq-Well、inDropsは高スループットとされています。低スループットの方はプレート上で数百の細胞を処理し、高スループットはそれ以外の技術で数千の細胞を処理可能、ということだと思います。この2つはどちらが良いかということではなく、それぞれ長所があると述べています。

彼らの結果のひとつとして、低スループット技術は高スループット技術に比べて検出できた遺伝子数・UMIの数が多かった、というのがありました。ただ、メソッドを読むと、
"We aimed for 50,000 to 100,000 reads per cell for high-throughput methods and 750,000 to 1,000,000 reads per cell for low-throughput methods. " 
とあって、ああ、低スループット装置の方は高スループット装置に比べて10倍近く、細胞あたりシークエンス読んでいるんだなと。ここは注意した方が良いです。10xも細胞あたりのリード数を増やしたら、、、もっと遺伝子検出しているはず。しかし処理できる細胞数が数千レベルと多いのでシーケンスコストが高くつきますね。

ここも目的によるのでしょうが、数百の細胞の解析で済む実験と、数千・数万の細胞の解析で得るデータではその実験の規模がだいぶ違います。数万の細胞実験はやはり、シークエンスのコストと精度とのトレードオフが常に問題になるでしょう。

それはさておき、彼らの結果では、高スループット装置の中では、10xのChromiumが一番遺伝子検出感度が高かったそうです。Version 3もちゃんと含まれていて素晴らしい！　これは、数千細胞規模の実験をするなら10xのChromiumを使うのが一番良い、ということらしいです。
嬉しい結論。

このようにたくさんの技術をちゃんと比較するには、お金も時間もかかるし大変だと思いますので、Publicな論文があるととても助かりますよね。

今月28日、アキバで10x Genomics ユーザーグループミーティングを行います！
スポンサーも増えました
是非登録の上ご参加ください！　金曜日です　プレミアムフライデーです！

EMBOとHCA 東京お台場にて

今週、5月20日から24日にかけて、EMBOシングルセルワークショップ（20日〜22日）、Human Cell Atlas General Meeting（23日、24日）がありました。これは国際学会。ということで本社からもCEOをはじめスタッフが数名来日しました。

私はマーケ担当なのでこういうブースとかを代理店さん（スクラムさん）と作ったり、

我々のブース

 こういうGiveawayとか、

これはUSBです

ブースでのLucky Draw（くじ引きなどでプレゼントが当たるアレ）を企画したり、
みんなで写真を撮ってシンガポールに送ってSNS（ツイッター）に載せてもらったり、

私もちゃっかり写ってます。私の隣の隣の隣がCEOです。

スポンサードトークのテーマはSingle Cell Immunologyで、本社VPに話してもらいました

ランチョンセミナーでは本社のプロダクトマネージャーに話してもらいました。司会は私。ちょっと緊張した

こんなことを行っていました。

みんなブースでのお客さん対応も行っていたから、終わって、どっと疲れが。
EMBOはこのような内容　ウェブサイト
でした。ツイッターの　#EMBOsinglecellbio  #humancellatlasのタグも追って見ると面白いですよ。
EMBOは事務局発表によると320名（167名は日本から、153名は海外から）が参加されたそうです. 

HCAでもそうでしたが、シングルセル解析はだんだんSpatialな情報の発表も多くなってきました。これは組織の「どこで」発現していたのかを大規模に知ることが技術的に可能になってきたおかげです。10xでもこの分野はいち早く取り込み、Spatial Transcriptomics社の買収によって今後大きな貢献をすることになるでしょう。今から楽しみです。


さて、私たちは6月28日（金）、東京秋葉原で10xユーザーグループミーティングを行います。国際ゲノム会議の翌日です。こちらもぜひお楽しみに！
詳しくはこちらを参照ください！