９月はアルツハイマー月間 Cellの表紙に注目

 こちらはCellのVol.182, Issue 4の表紙です。この表紙の絵は、アルツハイマー病（AD）に伴うアミロイド斑が示す複雑な細胞間インターアクションを示しているそうです。

それを明らかにしたのがSpatial、空間的遺伝子発現解析とシングルセル。

Chen et. al., Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer’s Disease（https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.038）PMID 32702314

こちらハイライトを訳すと、

• プラーク誘発遺伝子（PIG）のネットワークを空間トランスクリプトームで解明した
• 空間トランスクリプトミクスによってADにおけるオリゴデンドロサイト遺伝子（OLIG）応答を同定した
• マウスおよびヒトのin situ配列決定により、これらの応答がシングルセルレベルで確認された
• PIGとOLIGの反応は異なる神経変性疾患においても保存されている

とのことです。

今月はアルツハイマー月間、９月２１日は世界アルツハイマーデーだそうです。

高齢化がますます進む日本で、アルツハイマー病は人ごとでは無くなってきているでしょう。一般的に、認知症と混同されがちですが、認知症は病気ではなく状態のことです。ICD-10（国際疾病分類10版）による認知症の定義は、「通常、慢性あるいは進行性の脳疾患によって生じ、記憶・思考・見当識・理解・計算・学習・言語・判断等多数の高次脳機能の障害からなる症候群」だそうです。

アルツハイマー病は認知症を引き起こす脳の病気のひとつ、です。

平成２８年度の厚生労働省白書によると、２０１４年の国内のアルツハイマー病の患者数は推計５３万人。

他の原因の認知症と比べてアルツハイマー病の患者数は毎年増え続けているのがわかります。これは介護の問題とも直結するので、医療従事者だけでなく一般の人もこの病気のことを正しく理解する必要があると思いました。

さて、先のCellの論文です。有料論文なので中身は書けませんが、このような脳の研究にはSpatialな解析が必須になってくると思います。何の遺伝子がどこで発現していたのか、それが他の遺伝子とどう関係していたのか、などを空間的に理解することがますます必要とされるでしょうね。

コロナ期にできること ウェビナーで研究成果を発表しませんか？

新型コロナウイルス の感染拡大は、収まる兆しが見えませんね。今日は7月23日、東京は366人の新規感染者が確認されたとのこと。外は雨。何となく暗い気分になります。

サイエンス系の学会の大会も延期されたり、ウェブでの開催になったり、研究者は自身の研究成果を発表する場が無くなっているのではないか、と思ったりします。

学会（大会）は、たいてい2日以上の期間で行われ、研究者はそこで自分たちの成果を発表します。質疑応答の後でも活発な議論が行われ、ポスター会場では学生も発表の機会を与えられます。
私は企業の人間なので、基本は展示会場でのマーケティング活動なんですが、参加費払って会場に行ったりもします。ポスター会場で発表者に質問したりもします。

これができないのは正直寂しい。そう思っている人も多いのではないでしょうか。


企業がイベントを組めない、セミナーできない、展示会場で製品を紹介できない。
そうなるとウェビナーするしかない。

私が言うのもアレですが、企業からのウェビナー、って最近多すぎませんか？　皆さん疲れていませんか？　企業が製品を宣伝するウェビナーよりも、もっとアカデミックなもの、研究者が成果を発表するようなウェビナーの方が良くないですか？

もし、10xのChromiumを使って実験を行い、その結果を広く伝えたい、という研究者がいらっしゃいましたら私までお知らせください。受託会社を使って実験をしたという方でももちろんかまいません。もちろん発表されるかたに費用はかかりません。

ウェビナーという形になりますが、できるだけインターアクティブな質疑応答ができるように努めます。共同研究などを呼びかける良い場にもなるかと思っています。
発表は日本語、英語、どちらでもウェルカムです。英語の場合は日本以外にも宣伝しますのでより多くの研究者がウェビナーに参加しますよ。

皆さんの研究成果をより広く宣伝できるチャンス！　です。個人的には、ウェット・ドライいずれかの現場で実際に手を動かしている先生にお話して欲しいですね。苦労話とか、シングルセルではここまではわかるけれど、これ以上は違う技術が必要、とか。
10xを使っていれば、基本テーマは何でもOKです。10xの良いところ、改善して欲しいところ、を正直に話してもらえると嬉しい。
時期や時間はご相談の上、決めましょう。かなりフレキシブルです。

これは、10x Genomics が主催するオフィシャルなウェビナーでの招待講演、という位置付けです。必要であれば証明書もお作りします。
ウェビナーは最初に演者の紹介をして、演者の発表が30分くらいあって、その後10xのプレゼンが10分くらい（私が話します）で、最後に質疑応答という感じで考えています。

発表者のプレゼンは録画されますが、公開するか否かは相談して決めますので大丈夫です。

ちょっとやってみたいなーというかたは、是非私まで（大崎　研：ken.osaki[at]10xgenomics.com）お知らせくださいませ〜。

一緒にシングルセルの研究分野を盛り上げていきましょう！

COVID-19関連論文

Liao et al., "The landscape of lung bronchoalveolar immune cells in COVID-19 revealed by single-cell RNA sequencing"

感染者数が全世界で12万人を超え、ついにWHOからパンデミック宣言が出てしまったCOVID-19　

国内では検査態勢や予防対策を巡って専門家の間でも意見が分かれるなど、正しい情報を得るにはそれなりの知識を積極的に持つことも大切だと考えるこの頃です。


震源地の中国では先日、深圳市第三人民医院中国のチームが、Chromiumを使ったシングルセルレベルのVDJ解析とRNAシーケンス（scRNA-seq）を使って、3人の重症および3人の軽度のCOVID-19患者と、8人のこれまでに報告された健常肺コントロールからの、気管支肺胞の洗浄液（BALF）での肺の免疫微小環境を解析しました。これがmedRxivにのっています。

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.23.20026690v1

この大変な状況下でシングルセル解析をやって論文にもするなんて、凄いですね。このように中国の医学研究レベルはとても高いのですが、ニュースではあまり報道されない。

シングルセルレベルの免疫プロファイリングは、未知の病原体が侵入した時、人体の免疫反応による新しい抗体を検出する時に威力を発揮します。10xのVDJ解析は、T細胞のTCR遺伝子のcDNAの可変領域をペアで読むことができる。シングルセルで読むから遺伝子のペアの配列を決定できるのです。これについてはまた今度。

Visium 最初の論文とウェビナー（英語）

Maynard et al., Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex（doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.28.969931）

Spatial Transcriptomicsの論文は以前にもあったけれど、これが最初のVisiumの論文になるのでしょうか。これは、10xの社員も著者に載っていますが、Visiumでこんなことができる！ということがよーく分かる論文です。

Maynard et al

human dorsolateral prefrontal cortex（DLPFC：背外側前頭前野）のレイヤーは６層に分かれていて外側から内側に向かって、Layer 1、2、・・・6、とそして白質（White Matter）と分類されるそうです。この組織部分を切り出し、Visium実験を行い、各層ごとに遺伝子発現の特徴が見られるか、という実験です。

Maynard et al. Fig.1

Fig１のD、E、Fでは、３つの遺伝子の発現値がマップされています。ここでわかるように遺伝子によっては各層ごとに高発現、低発現の特徴がはっきり分かれているようです。

Maynard et al, Fig.4

各層ごとに特徴的に発現している遺伝子も検出できます。この図では、AQP4遺伝子が　Layer 1で高発現（A）、HPCAL1遺伝子はLayer 2で高発現（C）していたことが示されています。
どの場所でどの遺伝子が発現していたのかという研究が、このVisiumの空間的遺伝子発現プラットフォームで可能になるのです！

これ、すごいですよね。今までに無い、次世代RNA-Seq

で、この論文の著者が今度、ウェビナーを行います。残念ながら日本時間では早朝3時半という微妙な時間ですが、朝に強い人はぜひご参加ください。
３月２０日　午前3時30分から5時　（この日は休日ですね！）
こちらです

第1回 Visium Day オンラインフォーラム無事終了

今年は桜の開花も例年よりだいぶ早いらしいですね。とはいえ、新型コロナウイルスのせいで多くのイベントが自粛。学会も多くが中止になりました。なんだかとても寂しい3月になりそう。

外出自粛を「お願い」された小・中学生の子供が家に１ヶ月もいる！なんて、信じられない環境の中、私も最近ほとんどテレワークです。（とはいえずっと家にいるわけではありませんけれど）

イベントが自粛となっても私たちはそれに代わる方法を考えないといけないわけで、そうなるとセミナーをウェブでやるのが現実的になります。

最初、秋葉原UDXで行うのを予定していた「Visium Day」も、やっぱりこの時期なのでウェブでやることになりました。

２時間半のセミナーをオンラインでやってみた！

発表は５つ、招待講演の鈴木穣先生の発表を含む（鈴木先生、本当にどうもありがとうございました！）

質疑応答もできるだけできるようにして

間にコーヒーブレイク（という名のトイレ休憩）を設ける

発表するときはカメラをONにして、できるだけライブ感を出す

色々工夫して、途中で聞いている人が退屈しないように企画したのですが、まあ、２時間半はウェブセミナーとしては長いかな。実際そういう意見も多かった。普通の物理的なセミナーだと３時間でも「長すぎる」という人はあまりいないと思う。やっぱりウェブだともう少し短いセミナーが好まれるのか。

最後の私の発表のところで謎の雑音がコンタミしたのはごめんなさい。喋っていた私は気付きませんでした。練習したときは問題なかったのですが。今度は気をつけます。聞き取れなかった人は個別に連絡ください。

当日、私とスクラムの掛谷さんは 柏の特設スタジオから鈴木先生と一緒にお送りしました。

正直な印象：

これが無観客試合か・・・

オーディエンスの表情がわからないのは我々昭和世代には不安でしかない！

ラジオのパーソナリティーもこんな感じなんでしょうかね。でもあまりフランクに喋ったら怒られるだろうしね。

また、このような感じのウェブセミナーは今後もどんどん行う予定です。

お楽しみに！

AGBT ハイライト 10x Genomics

毎年この時期恒例のAGBTですが、私は行っていませんけれどもまるで行ったかのような報告をします（笑）。PacBioの時もそうでしたね

10x Genomics のプレゼンは月曜日の午後。多くの人が注目している中で行われました。
数々の新製品のアナウンスの他、自動ライブラリ作製装置「Chromium Connect」が出荷されたことも発表されました。

このページに詳しく書いています。
シングルセルの新製品とVisiumの新製品についての発表。
簡単にまとめると、まずシングルセルの新製品は、

• Chromium Single CellのATACとGene Expressionを同じ細胞から同時に見れるようになる。これがやりたかった人は多いのではないでしょうか？
• CellPlex：８チャネルチップを用いた時、１ランあたり最大16万細胞または96サンプル処理することができるようになる。実験のスケールに応じてサンプル数を調整することが可能です。CellPlex＝細胞マルチプレックス

Visiumの新製品については

• IHC（免疫組織化学）に対応：タンパク質と遺伝子発現を同じ組織上で同時に観察できるようになる
• Feature Barcodeテクノロジーに対応：こちらは数千種類ものタンパク質の発現と遺伝子発現を同じ組織で同時に観察できるようになる
• FFPE組織に対応：今は凍結切片のみ対応のVisium実験をFFPEサンプルからでもできるようになる

以上、リリース時期はまだ明らかにしていませんが、近い将来製品化されるものです。

いかがでしょうか。ワクワクしてきましたね。

第1回 Visium Day 開催のお知らせ！（オンライン方式に変わりました）

この記事は2月10日に上げたのですが、ご存知の通り新型コロナウイルス感染拡大に伴い、イベント・集会を開く環境では無くなりました。そこで、ウェブセミナーの形に変更しました。以下の記事も、2月10日に書いた内容を編集しています。編集箇所は黄色の字にしました。ウェブセミナーの登録サイトは同じURLです。

以前登録した方は自動的に案内メール（リンク付き）が送られていると思いますので再登録は不要です。

Visium Spatial Gene Expression、またの名をVisium 空間的遺伝子発現
この製品、前のブログでもその前にも何回かご紹介しましたね。組織切片をスライドガラス上に乗せて、組織の位置情報を保ったまま、全遺伝子発現を測定するという画期的技術です。
Spatial Transcriptomics、Spatialomicsとも言われていますね。「スペーシャロミクス」うん、いい響きだ。

今年話題になること間違いないVisiumの、アジア初のセミナー「Visium Day」を行います！（もしかしたら世界でも初か２番目かそれくらい）
日本で最初に実験をして結果を出された、東京大学の鈴木穣先生を特別講演にお招きしました。Visiumの実験はどんな感じで進むのか、データからどんな新しいことがわかるのか。ユーザーの生の声を聞けるまたと無いチャンスです。

また10xからは、この新技術を導入するときの実験ノウハウ、データ解析ソフトウェアのデモ、そして今後の Visium 開発の展望もご紹介します。実験ノウハウなどは基本的にはユーザーの方にしかお話ししない内容です。

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日時：2020年3月5日　午後1時から3時半
場所：ネットが繋がる場所ならどこでも　On24というシステムを使います
レジストレーション：こちらから
アジェンダ：登録ページの一番下にダウンロードボタンがあり
参加無料
対象：Visiumに興味のある研究者の皆様　
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登録はお早めに！